航空运输与系统工程系（简称航空工程系）由“系统工程与控制研究所（民航运输系）”于2025年6月更名而来。系统工程与控制研究所组建于2002年（张国伍教授担任首任所长），其前身可追溯到1982年成立的交通运输系统分析研究室，至今已有四十多年历史，为我校在国内较早申请到系统工程学科硕士与博士点，并创建了国内首个交通运输系统工程学科，在我国综合交通与智能交通领域具有重要影响，先后培养造就了一批造诣深厚的专家学者和教授，为我国综合运输系统规划和智能交通建设发展做出了重要贡献，在业内具有较高知名度和良好声誉。为顺应国内民航运输人才市场发展需求、完善我校综合交通学科体系，学校于2015年批准交通运输专业增设民航运输方向，并交由系统工程与控制研究所负责建设。历经两年筹备，交通运输（民航运输）专业被正式列入学校2017年高考招生计划，至今已培养本科毕业生100余人。2020年12月，民航运输系揭牌成立，由此形成了系统工程与控制研究所（民航运输系）的系所融合发展格局，直至2025年6月更名为航空运输与系统工程系，标志着系所进入了新的发展阶段。
     航空工程系现有教师22人，其中教授8人、副教授/高级工程师9人、讲师5人，具有博士学位教师19人。该系目前负责学院的民航运输本科专业方向建设，并参与交通运输规划与管理、物流工程与管理以及控制科学与工程的学科建设和研究生培养工作。该系目前的主要研究方向包括民航运输与低空交通、交通运输系统工程、物流与管理系统工程、智能交通等。近十年来，先后承担国家重点研发计划、国家自然科学基金、交通运输部、中国民航局、北京市、铁路/民航企事业单位等资助的各类纵横向科研项目/课题共计100余项，发表高水平论文200余篇，获批发明专利/软件著作权50余项，在民航运输与综合交通、智能交通、城市公交运营调度、物流系统工程等方面取得了大量研究成果，产生了重大社会与经济效益。