威廉希尔体育下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系、物流工程系、交通智能系统与安全系、系统工程与控制研究所（民航运输系）7个系所。设立学术委员会以及学科建设与学位评定委员会、人才队伍建设委员会、教育教学指导委员会、科技工作与学术道德委员会负责学院教学科研等事务。为提升学术实力，发挥“产学研”合作优势，学院还拥有交通运输国家级教学示范中心、交通运输国家级虚拟仿真实验中心、北京市城市交通信息智能感知与服务工程技术研究中心、交通运输部综合交通大数据行业重点实验室、交通运输部综合交通运输理论行业重点实验室、国铁集团铁路现代物流技术研究中心、中国综合交通研究中心等十余个教学科研平台，并参与先进轨道交通自主运行全国重点实验室、智慧高铁系统前沿科学中心等国家研究平台的建设。由学院办公室、教学科、研究生科、科研科、对外联络中心等行政机构完成其余日常工作。